Về nguyên tắc thực hiện quy trình liên thông điện tử, Nghị định nêu rõ: Việc tổ chức tiếp nhận, giải quyết TTHC trên môi trường điện tử được thực hiện hợp lý, khoa học, bảo đảm yêu cầu khai thác, tái sử dụng dữ liệu phục vụ cải cách, đơn giản hóa TTHC giữa các cơ quan, tổ chức và người yêu cầu, không yêu cầu nộp bản giấy; chuyển phương thức xử lý từ tiền kiểm sang hậu kiểm nhằm tạo thuận lợi cho người yêu cầu và cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc tiếp nhận giải quyết TTHC.
Việc thực hiện TTHC liên thông điện tử tại Nghị định này có giá trị pháp lý như các hình thức khác theo quy định của pháp luật; không làm tăng chi phí cho cá nhân, tổ chức.
Kết quả giải quyết của TTHC thuộc nhóm TTHC liên thông điện tử là thành phần hồ sơ của thủ tục khác trong nhóm sẽ được hệ thống tự động chia sẻ để hoàn thiện hồ sơ gửi đến cơ quan có thẩm quyền giải quyết theo quy định.
Đối với những dữ liệu mà cơ quan thực hiện TTHC đang quản lý hoặc đã được cơ quan nhà nước khác sẵn sàng chia sẻ thì thực hiện theo quy định tại Nghị định số 45/2020/NĐ-CP ngày 8/4/2020 của Chính phủ về thực hiện TTHC trên môi trường điện tử.
Đối với các thành phần hồ sơ chưa có dữ liệu điện tử thì thực hiện theo quy định tại Nghị định số 107/2021/NĐ-CP ngày 6/12/2021 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 61/2018/NĐ-CP ngày 23/4/2018 của Chính phủ về thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết TTHC.

Các thông tin trong tờ khai điện tử quy định tại Nghị định này đã có trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư, Cơ sở dữ liệu hộ tịch điện tử, Cơ sở dữ liệu quốc gia về bảo hiểm, hệ thống thông tin có liên quan, được Phần mềm dịch vụ công liên thông điền tự động.
Hồ sơ, biểu mẫu điện tử của từng thủ tục sẽ được Phần mềm dịch vụ công liên thông tự động phân tách để chuyển cho các cơ quan có thẩm quyền giải quyết theo đúng quy định.
Hồ sơ đăng ký khai sinh, khai tử được Phần mềm dịch vụ công liên thông đồng bộ về Hệ thống thông tin giải quyết TTHC cấp tỉnh; hồ sơ đăng ký thường trú, xóa đăng ký thường trú, hồ sơ cấp thẻ BHYT cho trẻ em dưới 6 tuổi, hồ sơ đề nghị hưởng trợ cấp mai táng, tử tuất được đồng bộ về phần mềm nghiệp vụ của các bộ, ngành có liên quan.
Thời gian người yêu cầu hoàn thiện hồ sơ hoặc xác nhận qua ứng dụng VNelD không tính vào thời gian giải quyết của các TTHC.
Kể từ ngày 01/7/2024, hồ sơ 02 nhóm TTHC liên thông điện tử được tiếp nhận, giải quyết theo quy định tại Nghị định số 63/2024/NĐ-CP.