Theo đó, Thông tư này quy định chi tiết thi hành khoản 4 Điều 22, khoản 9 Điều 24, điểm b khoản 2 Điều 26, khoản 8 Điều 31, khoản 3 Điều 39 của Luật Tài nguyên nước về phân vùng chức năng nguồn nước mặt; xác định, điều chỉnh dòng chảy tối thiểu; xác định và tổ chức việc công bố vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt; bảo vệ nước dưới đất trong các hoạt động quy định tại khoản 2 Điều 31 của Luật Tài nguyên nước; lập, điều chỉnh kế hoạch bảo vệ nước dưới đất; bổ sung nhân tạo nước dưới đất.
Thông tư này áp dụng đối với cơ quan, tổ chức, cộng đồng dân cư, hộ gia đình và cá nhân có hoạt động liên quan đến các nội dung quy định tại Điều 1 của Thông tư này trên lãnh thổ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Về nguyên tắc phân vùng chức năng nguồn nước, Thông tư quy định như sau:
1- Đảm bảo tính hệ thống trong lưu vực sông, phù hợp với ranh giới hành chính cấp tỉnh.
2- Phù hợp với hiện trạng khai thác, sử dụng tài nguyên nước và nhu cầu khai thác, sử dụng nước được xác định trong quy hoạch về tài nguyên nước, quy hoạch vùng, quy hoạch tỉnh và các quy hoạch có tính chất kỹ thuật, chuyên ngành có nội dung khai thác, sử dụng tài nguyên nước.
3- Việc phân vùng chức năng nguồn nước phải được xem xét tổng thể về giá trị, lợi ích mà nguồn nước mang lại, mức độ ưu tiên phải bảo vệ và thuận lợi trong việc thực hiện các yêu cầu về bảo vệ nguồn nước.
4- Hài hòa lợi ích trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước giữa các khu vực, các địa phương, giữa thượng lưu và hạ lưu, giữa các đối tượng khai thác, sử dụng nước; bảo đảm việc khai thác, sử dụng tài nguyên nước hiệu quả, duy trì sự phát triển bình thường của hệ sinh thái thủy sinh.
Yêu cầu về kết quả phân vùng chức năng nguồn nước
Kết quả phân vùng chức năng nguồn nước sông, suối, kênh, mương, rạch phải được tổng hợp, lập thành danh mục. Trong đó, từng đoạn sông, suối, kênh, mương, rạch được phân vùng chức năng phải thể hiện các nội dung chủ yếu sau: Tên của sông, suối, kênh, mương, rạch; tên lưu vực sông; Chiều dài, vị trí hành chính, tọa độ điểm đầu và điểm cuối của đoạn sông, suối, kênh, mương, rạch được phân vùng chức năng (hệ tọa độ VN2000, múi chiếu 30); Chức năng nguồn nước của đoạn sông, suối, kênh, mương, rạch.
Kết quả phân vùng chức năng nguồn nước hồ, ao, đầm, phá phải được lập thành danh mục và phải thể hiện các nội dung chủ yếu sau: Tên của hồ, ao, đầm, phá; tọa độ đại diện cho vị trí của hồ, ao, đầm, phá (hệ tọa độ VN2000, múi chiếu 30), vị trí hành chính; tên tổ chức, cá nhân quản lý, vận hành (nếu có). Đối với hồ chứa thủy điện, thủy lợi trên sông, suối thì nêu rõ tên của sông, suối; Diện tích mặt nước của hồ, ao, đầm, phá được xác định chức năng; Chức năng nguồn nước của hồ, ao, đầm, phá.
Kết quả phân vùng chức năng nguồn nước phải được cập nhật vào Hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu tài nguyên nước quốc gia.
Về nguyên tắc xác định vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt:
1- Đảm bảo ngăn ngừa, giảm thiểu tác động tiêu cực đến chất lượng nguồn nước của công trình khai thác nước để cấp cho sinh hoạt và các chức năng khác của nguồn nước.
2- Phù hợp với điều kiện địa hình, địa chất, địa chất thủy văn, chế độ dòng chảy, đặc điểm nguồn nước, quy mô khai thác, sơ đồ bố trí công trình và các đặc điểm khác liên quan đến việc bảo vệ chất lượng nguồn nước sinh hoạt.
3- Phù hợp với hiện trạng sử dụng đất và các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của khu vực có công trình khai thác nước để cấp cho sinh hoạt.
Các trường hợp phải xác định và công bố vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt
Công trình khai thác nước để cấp nước cho sinh hoạt hoặc cấp nước cho nhiều mục đích, trong đó có cấp nước cho sinh hoạt (sau đây gọi chung là công trình khai thác nước để cấp cho sinh hoạt) của các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ thì phải xác định và công bố vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt, bao gồm: Công trình khai thác nước mặt có quy mô trên 100 m3/ngày đêm; Công trình khai thác nước dưới đất có quy mô trên 10 m3/ngày đêm.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01 tháng 7 năm 2024. Kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành, các Thông tư sau hết hiệu lực thi hành:
- Thông tư số 24/2016/TT-BTNMT ngày 9 tháng 9 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định việc xác định và công bố vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt;
- Thông tư số 31/2018/TT-BTNMT ngày 26 tháng 12 năm 2018 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định nội dung, biểu mẫu báo cáo tài nguyên nước;
- Thông tư số 64/2017/TT-BTNMT ngày 22 tháng 12 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về xác định dòng chảy tối thiểu trên sông, suối và hạ lưu các hồ chứa, đập dâng;
- Thông tư số 75/2017/TT-BTNMT ngày 29 tháng 12 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về bảo vệ nước dưới đất trong các hoạt động khoan, đào, thăm dò, khai thác nước dưới đất;
- Thông tư số 27/2014/TT-BTNMT ngày 30 tháng 5 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định việc đăng ký khai thác nước dưới đất, mẫu hồ sơ cấp, gia hạn, điều chỉnh, cấp lại giấy phép tài nguyên nước;
- Thông tư số 40/2014/TT-BTNMT ngày 11 tháng 7 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định việc hành nghề khoan nước dưới đất;
- Thông tư số 56/2014/TT-BTNMT ngày 24 tháng 9 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định điều kiện về năng lực của tổ chức, cá nhân thực hiện điều tra cơ bản tài nguyên nước, tư vấn lập quy hoạch tài nguyên nước, lập đề án, báo cáo trong hồ sơ đề nghị cấp giấy phép tài nguyên nước.
 Bãi bỏ các Chương, điều của các Thông tư sau đây của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành: Điều 20 của Thông tư số 04/2020/TT-BTNMT ngày 03 tháng 6 năm 2020 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định kỹ thuật quy hoạch tổng hợp lưu vực sông liên tỉnh, nguồn nước liên tỉnh; Điều 3, Điều 4, Điều 16, Chương III và Chương V của Thông tư số 17/2021/TT-BTNMT ngày 14 tháng 10 năm 2021 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về giám sát khai thác, sử dụng tài nguyên nước.